Для того, чтобы ответить на вопрос, вынесенный в заголовок темы, следует взглянуть на прошлое и на настоящее престолонаследия в Вестеросе.
Начнём с азов, т.е. с правлений Эйгона I. Будучи младшим в семье (он был на два года младше Висеньи), тем не менее, именно он. Тем не менее, утверждается, что женат он был на Висенье "по долгу", а на Рейнис - "по любви". Что означает в таком контексте "долг" - сказать сложно. Скорее всего, такого сорта браки должны были объединять "клеймы"
Затем мы видим неудачное правление Эйниса (старшего сына Эйгона) и узурпацию Мейгора (младшего сына Эйгона). При этом наследником по умолчанию считается старший сын Эйниса - т.н.з. Эйгон Некоронованный, а не его старшая сестра Рейна.
После того, как Мейгор "совершил ужасное самоубийство" королём стал Джейхейрис, хотя у него была и старшая сестра (Рейна) и дочки старшего брата от Рейны (Эйрея и Рейлла).
Затем, когда встал вопрос с наследованием уже Джейхейрису, тот последовательно предпочёл избрать своим наследником второго сына, принца Бейлона (после смерти наследника по умолчанию, старшего сына, принца Эймона) , а затем довериться лордам Вестероса.
Как видим, Джейхейриса можно упрекнуть во многом, но не в непоследовательности. Человек постоянно во всех спорных династических ситуациях отдавал приоритет сыновьям. Взойдя на престол как единственный уцелевший сын короля Эйниса, он последовательно:
1) отказался даже рассматривать лоббируемый Алисанной вариант с Дейнейрис (старшей дочерью) как королевой, ограничиваясь отговорками насчёт того, что она будет королевой при брате;
2) в 92 году он выбрал своим наследником сына (Бейлона), а не внучку (Рейнис)
3) в 101 году он обратился к своему последнему живому сыну (Вейгону) и лишь получив категорический отказ, вынужден был обратиться к Великому Совету.
Таким образом, вплоть до середины 100-х годов престолонаследие у Таргариенов осуществлялось довольно просто. В любой спорной ситуации приоритет отдавался мужчине, в особенности - сыну предыдущего правителя.
В чём же проблема, возникшая позже? У неё есть два аспекта, "внутренний" и "внешний". Внешний заключается в том, что с 89 года дом Таргариенов утратил монополию на драконьих всадников. Брак Рейнис и Корлиса создал второй центр силы, имеющий собственных драконов. (Более того, вплоть до 120 года Веларионы по числу боеготовых наездников превосходили или, в лучшем случае, не уступали короне (Рейнис на Мелейс, Лейна на Вхагар, Лейнор на Морском Дыме и в отдельные моменты времени - их союзник, ака принц Деймон на Караксесе)). И, немаловажно, готовый отстаивать свои интересы силой. В ПлиКр прямо говорится, что в канун решения о созыве Великого Совета Корлис созывал людей для попытки пробить интересующую его кандидатуру силой, если понадобится, а принц Деймон собирал лихих людей, чтобы отстаивать права своего брата. Триумфальная победа принца Визериса на выборах несколько сняла остроту вопроса, но лишь временно, ибо проблема сама по себе никуда не девалась, наоборот, по мере ухудшения отношений между королём Визерисом и его братом она становилась лишь острее.
В этот момент десница Хайтауэр и Визерис пошли на революционный шаг - они устроили присягу принцессе Рейнире с требованием "защищать её законные права наследования". Почему шаг революционный? Потому что он очень серьёзно отходил от обычной системы наследования Железного Трона. Как мы видели ранее, он всегда наследовался мужчиной, причём не только брат шёл вперёд сестры (для Вестероса, кроме Дорна, это банальность), но и дядя - вперёд племянницы (Джейхейрис вперёд Эйреи и Рейллы; Бейлон вперёд Рейнис), что для большинства Вестероса далеко не так.
Внутренний же аспект заключался в том, что действия Визериса (позорная присяга 105 года) и Деймона (эскапада с дарением драконьего яйца иностранной проститутке и бестактная "шутка" о погибшем во младенчестве сыне Визериса) привели к тому, что дом Таргариенов раскололся на три фракции - фракцию Деймона, фракцию Рейниры и фракцию детей Визериса от второго брака. Наложение этих двух проблем друг на друга привело к тому, что часть фракций вступила в союз с Веларионами. Впрочем, сама широта "чёрной" коалиции, у каждого из центров силы которой были подчас взаимоисключающие интересы (например, наследование Дрифтмарка), гарантировала её недолговечность - и действительно, она не дотянула даже до конца войны, распалась ещё в процессе.
В целом, Вестеросу на тот момент было известно два основных способа смягчения противоречий между династическими фракциями. Первым являлся династический брак между старшими детьми (Эйгон - Висенья, Эйгон Некоронованный - Рейна) и Великий Совет. Но первый вариант был забракован лично Визерисом (когда он отказал Алисент в просьбе обручить Рейниру и Эйгона-старшего), а о втором за все события,предшествовавшие Танцу Драконов и во время событий этого Танца, вспомнили только один раз - когда королева Алисента, уже сдавая ключи от Королевской Гавани прилетевшей шестёрке "чёрных" драконов, предложила созвать Великий Совет Рейнире (предложение, впрочем, было отвергнуто). Шаг, согласитесь, несколько запоздалый.
А Мелеис могла спариться с любым из диких драконов ДК или с тем же Балерионом, и как вы предлагаете это контролировать? Говорить "фу. нельзя" животному во время гона, когда гормональный фон нестабилен, а агрессивность повышается? Это ж не йоркширский терьер
, сам и разрешил (благословил даже) этот брак. Не понимал, что ли, какую ситуацию он создает 
? Отдал драко-наездницу в чужой Дом, с перспективой создать на Дрифтмарке второе стадо драконов через детей и внуков Рейнис и Корлиса 